THL:n Laskelmat ja jatkuva salailu

THL julkisti 25.3.2020 dokumentin Koronavirusepidemian aiheuttamasta sairaala- ja tehohoidon tarpeesta Suomessa. Samalla THL julkaisu tiedotteen jossa esitettiin samat luvut graafisessa muodossa. Mitään perusteluja laskelmilleen THL ei julkaissut, avoimeksi jäi tuossa vaiheessa esimerkiksi se kuinka suuren osuuden suomalaisista THL uskoo sairastuvan, kuinka suuren osuuden tartunnansaaneista THL uskoo päätyvän sairaalahoitoon (hospitalization rate), ja kuinka suuren osuuden tartunnan saaneista THL uskoo kuolevan (IFR, infection fatality rate). Puutteista huolimatta tiedote julkaistiin lehdistössä laajalti liki ilman kritiikkiä.

Kuva 1: THL:n 25.4. Julkaisema ennuste koronapotilaiden teho- ja sairaalahoitoisuudesta.

Samana päivänä kun arviot julkaistiin, lähetin THL:n kirjaamoon asiakirjapyynnön taustamateriaaleista siinä laajuudessa että niistä selviää miten ja millä lähtöoletuksilla laskelmat on tehty. Vastauksen sain THL:ltä kuukautta myöhemmin, 24.4.2020. Vastaukseen kuului muutamia yleisluonteisia ja muualla julkaistuja powerpointteja, sekä lyhkäinen taustadokumentti joka on otsikoitu “Calibration to Wuhan data, THL Corona Modelling Group (March 24, 2020)“. Dokumentin taulukosta 1 selviää kuinka suureksi THL arvioi sairaalahoitoisten ja tehohoitoisten osuudet yhtä tartunnan saanutta kohden kussakin ikäryhmässä. Kaikki perustelut ja taustatiedot siitä miten taulukon numerot on määritetty puuttuivat vastauksesta.

Lähetinkin siis uuden asiakirjapyynnön 26.4.2020 jossa pyysin tietoa siitä mistä taulukon 1 luvut ovat peräisin , ja sainkin jo 6.5. vastaukseksi dokumentin “How to calculate severity in the Wuhan/Hubei hospitalisation data, THL Corona Modelling Group (March 24, 2020). Tässä dokumentissa on taulukoitu erilaisia parametreja ikäryhmittäin ja kuvattu muutamalla lauseella yleisluonteisesti laskentamenetelmiä. Varsinaista selitystä siitä ei silti löydy.

Huolimatta dokumenttien suppeudesta ja sekavuudesta, ja siitä että niissä viitataan edelleen muihin taustamateriaaleihin ja laskentamalleihin joita THL ei ole luovuttanut, voi niistä yhdistelemällä rakentaa kuvan THL:n maaliskuun laskelmissa käyttämistä lähtöoletuksista.

Taulukko 1: THL:n laskentamalli maaliskuun 24. päivä. Vihreät luvut ovat peräisin dokumentista “Calibration to Wuhan data”, siniset luvut dokumentista “How to calculate severity in the Wuhan/Hubei hospitalization data”. Oranssit luvut ovat edellisten pohjalta itse laskemiani. Laskentakaavat oransseihin lukuihin ovat seuraavat: COL D = (COL B/ COL C)*100, COL H = COL F + COL G, COL I = COL H / COL B, COL J = COL H * COL I, COL K = (COL I / COL E)*10 000, COL M = COL B * COL L, COL N = COL M/ COL D.

Taulukon 1 luvuista selviää THL:n maaliskuussa esittämien arvioiden perustuvan Wuhanin/Hubein alueen mallipopulaatioon, jonka suuruus oli 10.9 miljoona ihmistä, jossa esiintyi infektioita 4.9 miljoonaa kpl, diagnosoituja tautitapauksia (cases) 62000, kuolemia 2797 kpl, ja sairaalahoitoisia tapauksia 13600. Luvut täsmäävät hyvin Johns Hopkinsin tilastoihin, joiden mukaan maaliskuun puolivälissä Hubeissa (enimmäkseen Wuhanissa) oli diagnosoituja tartuntoja 68000 ja kuolemia 3100. Wuhanin väkiluku on noin 11 miljoonaa, joka sopii niinikään yhteen THL:n mallipopulaation kanssa. Toisinsanoen THL:n laskelmien pohjana on ollut oletus Wuhanin alueella saavutetusta laumaimmuniteetista, kuten arvelinkin aiemmassa blogikirjoituksessani. Koska on oletettu epidemian olleen erittäin laajalle levinnyt, on saatu tulokseksi arvio jossa tauti on ollut suhteellisen harmiton.

Taulukon 1 lähtöoletuksista (summarivi) suoraan laskemalla saadaan IFR = 2797 / 4907650 = 0.0005 (noin 0.1%), hospitalization rate = 13618 / 4907650 = 0.0028 (noin 0.3%). THL:n simulaatiomalleissa on sitten ilmeisesti otettu Taulukon 1 ikäryhmäkohtaiset lähtöarvot, ja mallinnettu epidemian oletettua kulkua ikäjakaumaltaan vanhemmassa suomalaisessa väestössä. Täten lienee saatu THL:n esittämät arviot joissa IFR = 0.1% – 0.2% ja infektion saaneiden hospitalization rate = 0.5% – 1%.

Lisää salailua

Valtioneuvosto päätti 4.5.2020 poliittista linjauksista jotka perustuivat samaan aikaan julkaistuun exit-työryhmän raporttiin. Raportin kuvissa 18 – 20 on esitetty THL:n arvioita uusien tartuntojen määristä ja tehohoidon tarpeista eri skenaarioissa. Tavalliseen tapaan raportissa ei kerrota käytettyjä taustaoletuksia. Esitetyt skenaariot ovat vaikuttaneet suoraan valtioneuvoston tekemiin merkittäviin poliittisiin linjauksiin.

Tiedotustilaisuudessa sisäministeri Ohisalo kertoi linjauksesta, että kaikki päätöksenteon perusteena olleet taustatiedot ja laskelmat oletuksineen ja parametreineen noudattaen avoimen tieteen ja tutkimuksen periaatteita tulee julkistaa. Pyysinkin samana päivänä THL:n kirjaamosta kopiot kaikista niistä taustatiedoista, laskelmista, oletuksista, parametreista, sekä lähdekoodista joita on hyödynnetty raportin kuvien 18-20 luomiseen. Pyysin saada tiedot siinä laajuudessa joka on tarpeen laskelmien toistamiseksi ja niiden teknisen oikeellisuuden ja lähtöoletusten järkevyyden tarkastelemiseksi. Pyysin myös tietoa siitä miten laskentamallin käyttämät lähtöparametrit määritettiin.

Reilua kuukautta myöhemmin, 5.6.2020, sain THL:ltä kirjallisen vastauksen asiakirjapyyntööni. Vastauksessaan THL saattaa tietooni nettisivun johon he ovat koonneet muutamia yleistason esityksiä käytetyistä laskentamalleista. Lähdekoodin luovuttamisesta THL kieltäytyi, vedoten julkisuuslain 24 §:n 1 momentin kohtaan 21, jonka mukaan sellaiset viranomaisen asiakirjat ovat salassa pidettäviä, jotka koskevat ”opinnäytetyön tai tieteellisen tutkimuksen suunnitelmaa tai perusaineistoa taikka teknologista tai muuta kehittämistyötä tai niiden arviointia, jollei ole ilmeistä, että tiedon antaminen niistä ei aiheuta opinnäytetyön, tutkimuksen tai kehittämistyön suorittamiselle taikka niiden hyödyntämiselle tai sen asianmukaiselle arvioinnille tai tutkijalle taikka tutkimuksen tai kehittämistyön toimeksiantajalle haittaa”. Vastauksessaan THL katsoo lähdekoodin lukeutuvan “teknologiseksi kehittämistyöksi, joka voidaan patentoida, ja on siten salassa pidettävää tietoa.”

Merkillepantavaa on, että ohjelmistot eivät Euroopassa pääsääntöisesti ole patentoivissa. Ministeri Ohisalon lupaus kaikkien taustalaskelmien julkaisusta avoimen tieteen periaatteiden mukaisesti ei selvästikään toteudu. Miksi virkatyönä ja veronmaksajien rahoilla tuotettu lähdekoodi ylipäätään haluttaisiin ensin salata ja sitten patentoida? Haluaako THL salauspäätöksellään tosiasiallisesti salata mahdolliset virheet jotka voisivat kriittisemmässä tarkastelussa tulla esille? Halutaanko estää poliittinen keskustelu jota voisi syntyä jos kansalaiset voisivat hyödyntää samaa koodikantaa vaihtoehtoisten skenaarioiden simuloimiseen? Miten THL kuvittelee edes teoriassa hyödyntävänsä kuvitteellista patenttia jos sellaisen onnistuisivat lähdekoodilleen saamaan?

Lopuksi

Tässä vaiheessa lienee selvää, että viranomaiset ovat kaikin keinoin koettaneet välttää julkista keskustelua joka käsittelisi heidän arvioitaan koronaepidemian kulusta tai vaarallisuudesta. Kansalaisten on oletettu luottavan laskelmiin jotka on tehty “black box” periaatteella ilman riippumatonta verifikaatiota, ja ilman tietoa mihin lähtöoletuksiin laskelmat nojaavat. Pienen sisäpiirin tekemien arvioiden perusteella on tehty väestön terveyteen ja yhteiskunnan talouteen vaikuttavia erittäin merkittäviä päätöksiä. Riippumattomien tutkijoiden esittämät vaihtoehtoiset laskelmat on jätetty huomiotta. Syytä vaihtoehtoisten laskelmien eroavuuksiin suhteessa THL:n laskelmiin ei ole voinut selvittää koska THL ei ole omien laskelmiensa taustatietoja tai laskentamenetelmiä julkaissut.

Lopuksi mielenkiintoinen havainto exit-työryhmän raportista; Koko asiakirjassa ei esitetä minkäänlaisia arvioita koronaviruksen aiheuttamasta kuolleisuudesta eri skenaarioissa. Merkitseekö tämä sitä, että valtioneuvosto ei lainkaan huomioinut taudin vaikutusta kuolleisuuteen päättäessään yhteiskunnan avaamisesta? Vai oliko valtioneuvostolla käytettävissään muita dokumentteja joita ei ole julkaistu? Kumpikaan vaihtoehto ei vaikuta erityisen hyvältä.

Teksti: 7.6.2020 Antti Viitala

Kirjoittaja on teknillisen fysiikan DI ja lääketieteen kandidaatti, joka on seurannut epidemian etenemistä aktiivisesti tammikuusta alkaen.

6 thoughts on “THL:n Laskelmat ja jatkuva salailu

  1. Jokin sovitus Wuhanin dataan löytyy tuolta https://thl.fi/fi/web/infektiotaudit-ja-rokotukset/ajankohtaista/ajankohtaista-koronaviruksesta-covid-19/tilannekatsaus-koronaviruksesta/koronavirusepidemian-mallinnusta (Skenaariomalleista oppiviin malleihin pdf). On valittu R0>1 SEIR-mallia sovitettaessa, josta seuraa, että tauti poistunut Wuhanista sairastamalla (SEIR-malli tuottaa silloin käyrän nousu-huippu-lasku, jossa lasku alkaa kun riittävän monella populaatiossa on immuniteettia ja R putoaa alle 1). Tauti näyttää lievältä tällaisella sovituksella

    Like

  2. Kiitos työstäsi.

    On kyllä todella hämmentävää, että miten voidaan muodostaa oletus, että koronan eteneminen Wuhanissa olisi pysähtynyt laumaimmuniteettiin. Eikä niihin massiivisiin lockdown-toimiin. Mutta minähän olenkin tradenomi enkä Suomen terveysturvallisuudesta vastaava johtava asiantuntija.

    Like

  3. Hienoa työtä!

    Jotekin tuntuu uskomattomalta katsoa näitä THL:ltä saatuja dokumentteja. Yleensähän jokaisella organisaatiolla on hienot dokumentointiohjeet ja dokumenttipohjat, joissa on isot logot ja grafiikat. Onko niin, että THL:n dokumenteissa ei löydy dokumenttien tekijöiden nimiä, versionumeroita, dokumentin hyväksyneiden henkilöiden nimiä, luonti- ja muutospäivämääriä, linkkejä muihin dokumentteihin? Entä pöytäkirjat sisäisistä kokouksista joissa näistä asioista on keskusteltu?

    Like

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Google photo

You are commenting using your Google account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s

Create your website at WordPress.com
Get started
%d bloggers like this: